Zgodnie z przyjętymi założeniami, Badanie Epidemiologii Krztuśca będzie prowadzone do końca 2010 r. Najważniejsza część badania, czyli włączanie pacjentów przez lekarzy w wylosowanych ośrodkach, będzie prowadzone przez 12 miesięcy licząc od zadeklarowanej daty rozpoczęcia badania.

Badanie prowadzą Zakłady Opieki Zdrowotnej, które zostały wylosowane z terenu całego kraju. Przeprowadzono losowanie warstwowe ośrodków za pomocą programu S-PLUS, w którym prawdopodobieństwo wylosowania zależało od wielkości populacji w warstwie.

Badaniem objęto reprezentatywną próbę populacji polskiej w wieku od 3 lat. Lekarz prowadzący projekt zaprasza pacjentów do udziału w badaniu, którzy spełniają kryteria włączenia. U wszystkich zainteresowanych udziałem w projekcie pacjentów z objawami klinicznymi krztuśca, zostaje przeprowadzone badanie fizykalne, dwukrotne badanie metodą kwestionariuszową oraz zostają pobrane próbki materiału biologicznego do badania laboratoryjnego w kierunku krztuśca oraz para-krztuśca. Są to dwa wymazy z noso-gardzieli oraz dwie próbki krwi. Oznaczenia laboratoryjne wykonywane są w Zakładzie Bakteriologii Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego -Państwowego Zakładu Higieny w Warszawie.