Projekt PLEpiSeq obejmuje 9 działań (WP1-9) z czego cztery mają charakter zarządczo-promocyjny (WP1-4). Natomiast w ramach działań WP5-9 realizowane są główne cele i założenia projektu istotne dla finalnych odbiorców projektu:

WP5 „Rozbudowa infrastruktury informatycznej (Expansion of the software infrastructure)” czyli

umożliwienie łatwego zarządzania i przechowywania danych WGS (wraz z metadanymi) dla objętych projektem patogenów w jednym repozytorium a także ich łatwego przesyłania i udostępniania

WP6 „Opracowanie standardu i zakresu metadanych na potrzeby nadzoru genomowego (Genomic Sequence Data and Metadata Integration)” czyli

wykorzystanie potencjału WGS w rutynowym nadzorze w celu usprawnienia wykrywania ognisk epidemicznych, reagowaniem na zagrożenia i identyfikacji źródła

WP7 „Standaryzacja procedur laboratoryjnych (Standardization of Laboratory Protocols)” czyli

opracowanie, wdrożenie, optymalizacja protokołów sekwencjonowania WGS objętych projektem patogenów

WP8 „Budowa i optymalizacja narzędzi bioinformatycznych (Development of Bioinformatics Tools)” czyli

opracowanie automatycznych narzędzi do zaawansowanych analiz bioinformatycznych i wizualizacji dla objętych projektem patogenów

WP9 „Udostępnianie, wsparcie i szkolenie z użytkowania usług projektu (Outreach, Support, Education)” czyli

rozwój zasobów ludzkich w zakresie „mokrego” laboratorium oraz bioinformatycznej analizy i interpretacji danych WGS