| Kontakt: pzh@pzh.gov.pl
Platforma Nadzoru Genomowego
PLEpiSeq
ang. „Towards the National Platform for Genomic Surveillance”

PLEpiSeq to nowobudowana platforma informatyczna do analizy, przechowywania i udostępniania danych z sekwencjonowania pełnogenomowego patogenów (WGS) opracowywana na potrzeby krajowego nadzoru epidemiologicznego.

Na obecnym etapie platforma obejmie wirusa SARS-CoV-2, wirusy grypy A i B, RSV oraz bakterie z rodzajów Salmonella, Campylobacter i Escherichia.

Podstawowym celem platformy jest wspieranie rutynowego nadzoru epidemiologicznego, w tym dochodzeń epidemiologicznych przy użyciu zaawansowanych analiz WGS. Umożliwi również badania ogólnej genomiki wybranych patogenów w celu określania ich potencjału chorobotwórczego, oporności na stosowane antybiotyki, czy leki przeciwwirusowe.

Platforma jest opracowywana z myślą o laboratoriach działających w obszarze zdrowia publicznego. Kierowana jest do laboratoriów, które już wdrożyły WGS, jak i tych, które dopiero chciałyby budować swój potencjał w tym zakresie.

PLEpiSeq zaoferuje przyjazne dla użytkowników rozwiązania umożlwiające:

  • dostęp zaawansowanych analiz bioinformatycznych i wizualizacji
  • zarządzanie i przechowywanie danych WGS wraz z istotnymi metadanymi w jednym repozytorium
  • szybkie udostępnianie danych WGS innym użytkownikom i ich przesyłanie do ECDC i innych publicznych repozytoriów

Użytkownicy PLEpiSeq mogą również korzystać zPLEpiSeq Virtual Helpdesk, systemu wsparcia, który pomoże im rozwiązywać problemy techniczne i merytoryczne związane z wykorzystywaniem metodyki WGS w nadzorze epidemiologicznym nad chorobami zakaźnymi.

„Towards the National Platform for Genomic Surveillance” –  Project 101113409 – PLEpiSeq współfinansowany ze środków Unii Europejskiej w ramach EU4H Project Grants oraz Ministerstwa Zdrowia.

Wyrażone poglądy i opinie są jednak wyłącznie poglądami autora (autorów) i niekoniecznie odzwierciedlają przepisy Unii Europejskiej. Unia Europejska ani organ przyznający pomoc nie mogą być za nie pociągnięte do odpowiedzialności.

 

Skip to content