PLEpiSeq to nowobudowana platforma informatyczna do analizy, przechowywania i udostępniania danych z sekwencjonowania pełnogenomowego patogenów (WGS) opracowywana na potrzeby krajowego nadzoru epidemiologicznego.
Na obecnym etapie platforma obejmie wirusa SARS-CoV-2, wirusy grypy A i B, RSV oraz bakterie z rodzajów Salmonella, Campylobacter i Escherichia.
Podstawowym celem platformy jest wspieranie rutynowego nadzoru epidemiologicznego, w tym dochodzeń epidemiologicznych przy użyciu zaawansowanych analiz WGS. Umożliwi również badania ogólnej genomiki wybranych patogenów w celu określania ich potencjału chorobotwórczego, oporności na stosowane antybiotyki, czy leki przeciwwirusowe.
Platforma jest opracowywana z myślą o laboratoriach działających w obszarze zdrowia publicznego. Kierowana jest do laboratoriów, które już wdrożyły WGS, jak i tych, które dopiero chciałyby budować swój potencjał w tym zakresie.
PLEpiSeq zaoferuje przyjazne dla użytkowników rozwiązania umożlwiające:
- dostęp zaawansowanych analiz bioinformatycznych i wizualizacji
- zarządzanie i przechowywanie danych WGS wraz z istotnymi metadanymi w jednym repozytorium
- szybkie udostępnianie danych WGS innym użytkownikom i ich przesyłanie do ECDC i innych publicznych repozytoriów
Użytkownicy PLEpiSeq mogą również korzystać z „PLEpiSeq Virtual Helpdesk”, systemu wsparcia, który pomoże im rozwiązywać problemy techniczne i merytoryczne związane z wykorzystywaniem metodyki WGS w nadzorze epidemiologicznym nad chorobami zakaźnymi.
„Towards the National Platform for Genomic Surveillance” – Project 101113409 – PLEpiSeq współfinansowany ze środków Unii Europejskiej w ramach EU4H Project Grants oraz Ministerstwa Zdrowia.
Wyrażone poglądy i opinie są jednak wyłącznie poglądami autora (autorów) i niekoniecznie odzwierciedlają przepisy Unii Europejskiej. Unia Europejska ani organ przyznający pomoc nie mogą być za nie pociągnięte do odpowiedzialności.